《光灵：武士之魂》是《光灵》的衍生作品，背景是同一个宇宙，但这回来到日本的幕府末期与明治时代之间，浪人伊藏与半兽人雷登并肩合作，护送拥有魔杖的精灵小女孩前往北方的精灵国度……

埃米尔是一个贩毒的小混混，逃出警察的追捕后，躲藏到姐姐塔拉的洗衣房，但老板却以此威胁想要侵犯姐姐塔拉，塔拉情急之下误伤老板而被判入狱，老板重伤在医院，如果死亡，塔拉将因为过失杀人而被判终身监禁，埃米尔为了救姐姐，不得不在医院照顾这位“仇人”。

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐

少年阿米尔在孟买的鱼龙混杂之地进行毒品交易时总是碰上许多麻烦。在一次毒品围剿行动中，为了躲避警察，他跑到了关系疏远的姐姐塔拉家门前。由于在藏匿阿米尔的过程中发生混乱，塔拉被关进监狱，但她仍然将弟弟视为自己恢复自由的唯一希望。虽然他们的生活充满绝望，黑暗无边，但希望的曙光也许就在云层背后。