在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯・派恩Chris Pine 饰）为营救史波克（扎克瑞・昆图 Zachary Quinto 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件该事件的始作俑者约翰・哈里森（本尼迪克

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈・克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什・布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔・史密斯 Will S