科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光之星"来随时变身，

公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1至S