债台高筑的普通上班族古叶完治（椎名桔平饰）恼羞成怒，杀害了黑帮组织御殿川组的组长（高岛政宏饰）。在此之后，他改姓北原，只身逃往南美躲藏，并在当地一家赌场谋得职业。十年后的一天，赌场老板命令他回日本刺杀暴虐蛮横的实业家狭土万正（山路和弘饰）。为避免遭到国际通缉，北原只得硬着头皮重返故土。此时此刻，日本

1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……