公元683年，唐高宗驾崩，其子李显（王昊饰）继位，武氏皇太后（殷桃饰）次年立李旦（田宇鹏饰）为帝，废李显为庐陵王，从此开始了武则天独断朝纲的时代。嗣圣元年九月，徐敬业（董彦麟饰）发动扬州叛乱，反对武则天独裁统治，武氏遣大军迅速平息，并诛杀了顾命大臣裴炎（杨洪武饰）等朝内反对派，进一步巩固了执政地位。

1945年，游学归来的刑侦专家程慈航，在码头遭遇险情，多方势力为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱里，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放在了档案馆密室内，却在夜里档案被盗，案情从此扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局