在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器“神话兽”接连送入人类都市捕获人类的生体能源“Purana”，决心反击的人类从海底遗迹发掘岀三台组合战斗

告别了多灾多难的初中时代，升入高中的宇佐和成（井口佑一配音）下定决心度过平稳安和的三年，并与一名清纯温柔的少女共享难得的青春时代。在学校图书馆，宇佐偶然邂逅专心读书的前辈河合律（花泽香菜配音），不禁心思荡漾。恰逢此时，宇佐的父母调动工作，为了能够自由生活，他计划入由河合住子（小林沙苗配音）担任管理员

当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。

当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。

泽村正治（谷山纪章配音）是一个十足的冷硬派男子，个性好强的他在校园中少不了打架惹事，同学们给个性粗暴的他取了“狂犬”的外号。其实，正治的内心中对于女性的温柔十分的渴求，可惜接连的告白失败打击了他的自信，让他逐渐关闭起了心门。某一日，正治发现曾经打架得力的右手居然变成了一个活灵活现的女孩！女孩名叫春日

这是，扭曲的物语。扭曲的爱的，物语——。事件同时频发，池袋的街道被吞入混沌的漩涡。怀着各自的心思，集合到新罗的公寓的人们。“Dollars”“黄巾贼”“罪歌”的势力簇拥到街道上。以及，当塞尔提的“头”暴露在光天化日之下时，事态朝着无人预期的结局发展——！