突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

寻找101体〈Chemi〉！新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！101张卡片进行形态变换！？高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！